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Während die Bauern an vielen Orten gegen die Gesellschaftsordnung vorgingen, brodelte es auch innerhalb der Kirche.
Ulrich Zwingli in Zürich und Johannes Calvin in Genf vertraten öffentlich Meinungen, die stark von der römisch-katholischen Lehre abwichen. Sie predigten z.B. daß jeder Mensch seinen eigenen Weg zu Gott finden könne, ohne die Vermittlung der Kirche. Dies untergrub hochgradig den Absolutheitsanspruch der römischen Kirche.
Papst Leo X. wollte sich ein Denkmal errichten und plante den Bau des Petersdoms in Rom. Um das nötige Kleingeld hierfür zu erhalten kam ihm die Idee des Ablaßhandels: die armen Seelen konnten sich für ihre Sünden bei der Kirche freikaufen und den ersehnten Ablaßbrief erhalten. Für jede Sünde gab es einen eigenen Preis, je nach Schwere der Tat.
Ein Mönch aus Wittenberg namens Martin Luther bekam einen Ablaßbrief in die Hände und war empört.
Im Oktober 1517 verfasste er 95 Thesen gegen den Ablaßhandel.
Durch seine Thesen wurde der Bevölkerung klar, weswegen der Ablaßhandel betrieben wurde -ein Erfolg Luthers.
Im Oktober 1518 mußte Luther fliehen, um seiner Gefangennahme zu entgehen. 1520 erschienen die wichtigsten Werke Luthers, u.a. die Schrift "Von der Freiheit eines Christenmenschen". Diese beginnt mit dem Satz: "Ein Christenmensch ist ein Herr über alle Dinge und NIEMANDEM untertan" - erstmals war es nicht ein Bauer, der Gleichheit in der Gesellschaft verlangte und dies auch noch mit der heiligen Schrift unterlegte.
1521 kam Luther zum Wormser Reichstag und wiederrief seine Schriften nicht - er durfte zwar unbeschadet abziehen, wurde aber gebannt. Auf der Wartburg fand er Schutz und begann das Neue Testament in´s Deutsche zu übersetzen. Mönche verließen ihre Klöster und begannen die Lehre Luthers zu predigen, heilige Messen wurden erstmals in Deutscher Sprache gehalten
Balthasar Hubmaier in Waldshut, Hans Jakob Wehe in Leipheim, Christoph Schappeler in Memmingen - immer mehr Priester vertraten auch auf Wunsch ihrer Schäfchen die neue Lehre, sehr zum Mißfallen der geistlichen und weltlichen Herren, die ihre Stellung gefährdet sahen.
Die Bauern fingen an nach der biblichen Begründung für ihre erbärmliche Situation zu fragen. Mit dem Reformationsgedanken hat Luther sicherlich einen bedeutenden Teil zum späteren Bauernaufstand beigetragen.
Als später die Bluttat zu Weinsberg bekannt wurde, Müntzer mit seinen politisch religiösen und revolutionären Thesen mehr Zulauf fand und man dennoch Luther immer mehr Schuld für die Bauernaufstände gab, wurden Luthers Töne schärfer und schlugen um. Er schrieb "wieder die MÖRDERICHEN UND RÄUBERICHEN Rotten der Bauern". Jetzt seien sie ganz rechtlos: "man soll sie zerschmeißen, würgen, stechen, heimlich und öffendlich, wer da kann, wie man einen tollen Hund erschlagen muß".